Latar belakang berdirinya Program Studi Pendidikan Biologi adalah adanya tuntutan kebutuhan para guru dan dosen untuk meningkatkan jenjang pendidikan yang terus meningkat. Ketidaksediaan Pendidikan S2 Biologi menyebabkan guru SMA dan sederajat bidang Biologi menempuh jenjang pendidikan keluar dari payung keilmuan. Oleh sebab itu FKIP telah merespons secara positif dengan mempertimbangkan secara rasional ketersediaan fasilitas dan dosen khususnya Pendidikan Biologi untuk mengusulkan pendirian Program Magister Pendidikan Biologi.

Penyusunan proposal usulan Program Magister Pendidikan Biologi dilakukan oleh Dr. H. Muhammad Zaini, M.Pd sebagai ketua dan Drs. Dharmono, M.Si sebagai Kabid Akademik. Proses pengusulan memakan waktu yang cukup lama, yaitu mulai tahun 2007-2009 (tiga tahun).

Upaya tersebut tidaklah sia-sia dengan dengan terbitnya SK Direktorat Jenderal Pendidikan Tinggi No. 820/D/T/2009, tanggal 27 Mei 2009 tentang Izin Penyelengaraan Program Magister Pendidikan Biologi Program Pascasarjana Universitas Lambung Mangkurat Banjarmasin. Dengan keluarnya Izin Penyelengaraan tersebut, maka mulai tahun 2009 Program Magister Pendidikan Biologi mulai melakukan penerimaan mahasiswa baru. Sistem penerimaan mahasiswa baru selanjutnya dilakukan tiap semester yaitu pada semester ganjil dan semester genap. Perpanjangan izin operasional dilakukan setiap semester melalui laporan Evaluasi Program Studi Berbasis Evaluasi Diri (EPSBED).

Sejak tahun 2013 telah terakreditasi C oleh BAN-PT. Program Magister Pendidikan Universitas Lambung Mangkurat berada di bawah Pascasarjana Universitas Lambung Mangkurat. Dengan terbitnya Keputusan Rektor Universitas Lambung Mangkurat No. 698/UN8/SP/2015 tanggal 21 Agustus 2015 tentang Penyelarasan Program Studi Monodisiplin dan Multidisiplin pada Program Pascasarjana Universitas Lambung Mangkurat bahwa Magister Pendidikan Biologi berada di bawah Fakultas Keguruan dan Ilmu Pendidikan Universitas Lambung Mangkurat.